К отделу природы относятся фондовые материалы (гербарии и чучела) по флоре и фауне Тувы, а также образцы полезных ископаемых. Каждый год естественно-научная коллекция музея пополняется новыми материалами. Коллекцию составляют:
материалы по флоре и фауне Тувы (гербарии; чучела животных, птиц рыб);
образцы полезных ископаемых, которыми так богата Тува;
шкуры ценных пушных промысловых зверей, добывающихся на территории Тувы.