13 мая 1929 г. на заседании Политбюро ЦК ТНРП, где присутствовали члены тувинского правительства и консульства СССР было решено о создании краеведческого музея тувинского народа. Директором первого в истории тувинского музея был назначен Владимир Петрович Ермолаев (1892-1982 гг.), профессиональный фотограф, снимавший на свою пленку природу Тувы, быт населения, занятия, промыслы, различные моменты государственной и общественной жизни. Он оставил после себя свыше 4 тысяч негативов и фотографий краеведческой тематики от Тувы феодальной до Тувы социалистической, которые в настоящее время составляют «золотой» фонд музея.
В создании музея в Туве большую помощь оказали советские научные и культурные учреждения. Зоологическим музеем Академии Наук СССР тувинскому музею были подарены чучела птиц, млекопитающих, пресмыкающихся, морских беспозвоночных. Минералогическим музеем выделена коллекция минералов, впоследствии пригодившаяся при определении местных материалов. Географическим обществом безвозмездно был передан набор аппаратуры с самопишущими приборами для организации метеорологической станции при музее. Выделили материалы из своих фондов Центральный музей имени В.И. Ленина, Государственный Исторический музей, Эрмитаж, Русский музей, книгоиздательства и другие учреждения.
Официальное открытие музея состоялось в августе 1930 г. В Государственном музее ТНР были сформированы три отдела: «Природа», «Дореволюционная история» и «Революционная Тува».
Значительный вклад в развитие музейного дела в Туве в первой половине 1940-х гг. внес советский специалист Николай Михайлович Богатырев, много сделавший для обогащения и комплектования фондов, правильного построения экспозиций, пропаганды исторических знаний в Туве. Под его руководством музей впервые начал проводить исследовательскую работу по внешнему описанию памятников древности и начал выполнять функцию документирования.
После вхождения Тувинской Народной Республики в состав СССР в октябре 1944 г. музей стал называться Тувинским областным музеем. В Постановлении бюро обкома «О работе краеведческого музея» (1947) были определены основные направления его деятельности, ставилась задача «при подборе и оформлении экспонатов полнее раскрывать борьбу тувинского народа за свое освобождение, достижения Советской Тувы, заботу Коммунистической партии о развитии ее народного хозяйства и культуры».
С 1950 года, как в музее начал работать выпускник исторического факультета Московского государственного университета С. И. Вайнштейн, начинается
глубокое изучение истории, быта и культуры тувинского народа. Известный в нашей стране и за рубежом ученый-этнограф, профессор, доктор исторических наук, ведущий научный сотрудник Института этнологии и антропологии имени Н. Миклухо-Маклая РАН, автор 300 научных публикаций, из которых свыше 30 переведены на иностранные языки, Заслуженный деятель науки Республики Тыва внес большой вклад в развитие музейного дела. Он изучал историю, быт и культуру жителей Восточной Тувы – оленеводов Тоджинского района; им обследованы развалины древней крепости на озере Тере-Холь, известной под названием Пор-Бажин, которая в начале XXI века была внесена в реестр памятников федерального значения.
В 1954 г., в честь 10-летия вхождения ТНР в состав СССР, были разработаны новые тематико-экспозиционные планы всех отделов (директор Э. Н. Щенникова). 1956 год стал самым значительным в жизни Тувинского областного музея – по результатам Всероссийского конкурса тувинский музей по содержанию экспозиций был признан одним из лучших и награжден Дипломом I-ой степени, а директор Э.Н. Щенникова получила в Москве от министра культуры А. Фурцевой нагрудный знак «Отличник Министерства культуры СССР».
В 1964 г., к 20-летию Советской Тувы, в залах музея была проведена частичная реэкспозиция, основными задачами которой были отражение успехов коммунистического строительства, победы ленинского курса коммунистической партии, борьбы советского народа за осуществление Программы КПСС по дальнейшему подъему промышленности, культуры, подъему благосостояния народа. Отдел истории Тувы советского периода был полностью переоформлен под руководством Е.Ш. Байкара.
Новое веяние в творческую атмосферу музея внес заведующий отделом истории ТНР М.Б. Кенин-Лопсан. С его деятельностью связаны исследовательские работы по тувинскому шаманизму, фольклору и искусству, проведенные в различных районах республики. Сегодня М.Б. Кенин-Лопсан – признанный ученый-шамановед, доктор исторических наук, с его именем связано возрождение шаманизма в Туве, начавшееся в 1990-х годах.
Значительным явлением в тувинской науке было окончание раскопок кургана Аржан (Улуг-Хорум), длившихся в течение двух полевых сезонов 1971-1972 гг. После обработки и реставрации в Ленинграде материалы раскопок были переданы в Тувинский музей, где была открыта стационарная выставка «Курган Аржаан».
В 1985 году музей достиг больших успехов в экспозиционной работе. Так, осуществлена полная реэкспозиция зала «Тува в годы Великой Отечественной войны» (автор М.Б. Кенин-Лопсан), за содержание которой музей был отмечен Дипломом 1 степени в смотре музеев РСФСР.
Расширение музейной сети Тувы начинается с 1969 года. Новые музеи районного масштаба в качестве филиалов были созданы в районах республики: это Историко-мемориальный комплекс в с. Кочетово Тандинского района, Историко-революционный музей в городе Туране, Геологический музей в городе Ак-Довураке, Музей трудовой славы в пос. Хову-Аксы, Музей боевой и трудовой славы в селе Сарыг-Сеп Каа-Хемского района.
В 1993 году при участии Тувинского музея прошел первый тувинско-американский научно-практический семинар ученых-шамановедов и шаманов, в котором приняли участие представители США, Финляндии и Австрии. Благодаря этому семинару, тувинский шаманизм получил мировое признание, и в 1997-1999 годах состоялось зарубежное турне шаманской коллекции музея – в городах Антверпен (Бельгия), Вена (Австрия) и Бремен (Германия). В 1994 году Тувинский музей впервые посетил первый Президент России Б.Н. Ельцин, отметивший высокую роль музея в бережном сохранении культурного наследия народа.
В 2005 году впервые в истории Национального музея РТ проведена Международная научно-практическая конференция «Музей в XXI веке: проблемы и перспективы», которая была посвящена 75-летию со дня открытия первой экспозиции в 1930 году. В 2006 году состоялась вторая Международная научно-практическая конференция по теме «Вопросы изучения и сохранения истории и культуры народов Центральной Азии и сопредельных регионов», посвященная 80-летию со дня рождения С.И. Вайнштейна.
2008 год по праву считается началом нового этапа в развитии музейного дела республики, особенно, в связи с переездом музея в новое специально для него построенное трехэтажное здание и возвращением на историческую родину золотой коллекции археологических предметов скифского периода, найденных во время раскопок кургана Аржаан-2 из знаменитой Долины царей Тувы. В течение 2008 года коллекция «Аржаан-2» была официально передана от Государственного Эрмитажа на постоянное хранение Национальному музею РТ, и уже 2 ноября 2008 г. бесценные археологические материалы во всем своем великолепии предстали в постоянной экспозиции «Сокровища Долины царей Тувы. Царский курган Аржаан-2». Открытие этой выставки сразу же подняло статус Тувинского музея на качественно новый уровень, соответствовать которому коллектив музея старается вот уже на протяжении шести лет.
Со времени переезда в новое здание в 8-ми из 16-ти экспозиционных залов уже созданы постоянные экспозиции, отражающие природное и историко-культурное наследие Тувы, начиная с древнейших времен до наших дней. Самыми востребованными у посетителей экспозициями по праву считаются: «Тува – жемчужина Центра Азии», «Тувинская Народная Республики (1921-1944 гг.)», «Участие Тувы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», «Тува – молодость древнего края» (посвященная 100-летию единения России и Тувы, которое отмечалось в 2014 г.), «Декоративно-прикладное искусство Тувы. Серебро», «Буддизм в Туве», «Графика Нади Рушевой».
Несмотря на то, что музеи России относятся к учреждениям культуры, одно из основных направлений музейной деятельности всегда являлась научно-исследовательская работа, связанная с изучением истории, фондовых материалов, экспозиций, культурно-образовательной деятельности. За последние 6 лет музеем организованы и успешно проведены 4 научно-практических конференции (2 международного, 1 межрегионального и 1 республиканского уровней). При активной поддержке руководства музейные сотрудники постоянно принимают участие в научных форумах межрегионального и республиканского уровней.
По итогам работы за 2010 год музей впервые за всю свою историю стал «Лучшим учреждением культуры Республики Тыва», а в 2011 году по всем показателям Национальный музей РТ стал победителем Межрегионального конкурса «Музей года. Южная Сибирь – 2011» среди государственных музеев и получил Гран-при конкурса.
Национальный музей РТ за последние 6 лет значительно расширил свои межрегиональные связи, представляя в разных регионах России, в том числе, в Москве и Санкт-Петербурге не только себя, но и Республику Тыва в целом. Наиболее значимые выставочные проекты музея: выставка «Тувинская Народная Республика – все для общей Победы!», организованная в 2010 году в Центральном музее Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. (Москва); этнографическая выставка «Традиционная культура и быт тувинцев» – в Музее Москвы (2012-2013 гг.) и Мытищинском историко-художественном музее Московской области; совместный выставочный проект Тувинского и Хакасского музеев «Национальные мотивы в искусстве Тувы и Хакасии»; совместный выставочный проект Тувинского, Минусинского и Хакасского музеев «Традиционная культура народов Южной Сибири», который увидели жители 4-х российских регионов: Республики Тыва (г. Кызыл), Красноярского края (г. Минусинск), Республики Хакасия (г. Абакан) и Рязанской области (г. Рязань, Рязанский историко-архитектурный музей-заповедник). Благодаря таким выставочным проектам Национальный музей РТ уже неоднократно (в 2011, 2012, 2013 и 2014 гг.) становился победителем в номинации «Выставочный проект Южной Сибири» межрегионального конкурса «Южная Сибирь. Музей года».
Среди выездных одной из самых востребованных в регионах является выставка рисунков гениальной художницы Нади Рушевой. За последние годы ее рисунки увидели в 7-ми городах Сибирского региона: Минусинск, Абакан, Шушенское, Омск, Барнаул, Зеленогорск, Горно-Алтайск.
Во многом благодаря своей активной межрегиональной деятельности последних лет, в 2013 году Национальный музей РТ принят в коллективные члены 2-х крупнейших музейных сообществ: Международного Совета музеев (ИКОМ) и Союза музеев России.
Кроме этого, в 2013 году Национальный музей РТ по рекомендации Министерства культуры Тувы вошел в Национальный реестр «Ведущие учреждения культуры России».
За 85 лет Национальный музей РТ из скромного культурно-просветительного учреждения превратился в многофункциональный институт социальной памяти, призванный решать огромной важности социальные задачи по сохранению, изучению и пропаганде историко-культурного наследия народов Тувы, воспитанию подрастающего поколения, достойному продолжению преемственности поколений.