Музей истории политических репрессий в Туве в настоящее время является филиалом Национального музея Республики Тыва им. Алдан-Маадыр. Сам музей был создан 29 октября 1994 года по распоряжению Госкомитета по управлению Госимущества, поддержке Министерства культуры, кино и туризма, и благодаря усилиям общества «Мемориал», состоящий из числа родственников и самих жертв политических репрессий, а также при активном участии доктора исторических наук, ученого этнолога, шамановеда, заслуженного работника культуры Республики Тыва и РСФСР, Народного писателя РТ Монгуша Бораховича Кенин-Лопсана.
Музей занимает здание, в котором в 1930-х гг. помещалась спецкомендатура НКВД ТНР. Заключенных держали в подвале здания. В свое время в здании размещалась редакция газеты «Тыванын Аныяктары» В 1994 году его специально отреставрировали для музея политических репрессий.
Задачами музея являются не только хранения музейных материалов, но и всестороннее и глубокое изучения причин и условий, породивших репрессии.
Первым директором музея был председатель общества «Мемориал» Александра Намчыловна Кызыл-оол. В 1995 году директором стал ее супруг Монгуш Седааевич Кызыл-оол. Под их руководством музей проводил встречи и передвижные выставки в Эрзинском, Тес-Хемском, Улуг-Хемском, Сут-Хольском кожуунах и т.д. Свою работу они совмещали с деятельностью общества «Мемориал».
С 1997 по 2004 год музеем руководил Ондар Дукур-оолович Охемчик, как и предыдущие директора, он также был сыном «врага народа», поэтому зная всю трагичность судеб жертв репрессий, приложил много сил и энергии в развитие музея. Им же было написано огромное количество статей для газет, посвященные репрессиям, и собрано большое количество материалов и фотоснимков, сделанных лично.
С августа 2004 директором, а с 2010 – заведующим был Бадыргы Александрович Саар-оол, член общества «Мемориал». До этого он работал заведующим музея Тувинских добровольцев и научным сотрудником отдела истории Национального музея. При нем в 2010 году музей репрессий стал филиалом Национального музея РТ. С 2012 года должность заведующего филиала занимал Михаил Михайлович Ондар, а с 2016 года по настоящее время заведующим является Шолбан Сергеевич Ооржак.
Фонды филиала включают в себя богатейшую коллекцию фотоснимков политических, общественных деятелей, граждан ТНР и СССР, подвергшихся репрессиям. Имеются копии материалов Центрального государственного архива РТ, Рукописного фонда ТИГПИ, фонды Национального музея, также большое количество газетных материалов и письменных воспоминаний самих репрессированных и их родственников. В общей сложности насчитывается более 1000 ед. фотографий и материалов. Также хранятся порядка 20 ед. личных вещей репрессированных. На основании оценки событий конца 1920-х, начала 1950-х гг. очевидцами и детьми «врагов народа» сформировалась экспозиция музея.
Музей ведет специальную картотеку, в которую занесены имена реабилитированных жителей республики. Собрание музея включает в себя архив документов, писем, воспоминания бывших узников ГУЛАГа и их детей, коллекцию личных вещей, принадлежащих им и связанных с историей пребывания в заключении, прошедшими ГУЛАГ, статьи авторов, предлагающих свое осмысление этой темы. Экспозиция также знакомит с судьбами людей, ставших жертвами репрессивной политики и оказавшихся в заключении.
Филиал политических репрессий каждый год 30 октября в День памяти жертвам политических репрессий проводит возложение цветов у памятника «Непокоренный».